Порядок выполнения деректив mod_rewrite

1. RewriteRule
2. RewriteCond (хоть он и идет первым в конфигах, но выполняется после RewriteRul)
3. RewriteBase (в конце обработки RewriteBase дописывает к результату указанный путь)

При составлении более-менее сложных конфигураций mod_rewrite важно понимать, что изменение запроса не заканчивается на последнем RewriteRule. После того, как сработало последнее правило RewriteRule и был добавлен RewriteBase, mod_rewrite смотрит, изменился запрос или нет. Если запрос изменился, его обработка начинается заново с начала файла .htaccess.

Apache поступает так, потому что в процессе изменения запроса он мог быть перенаправлен в другую директорию. В ней может быть собственный .htaccess, который не участвовал в предыдущей обработке запроса. В этом же новом .htaccess могут быть правила, которые влияют на обработку запроса — как правила mod_rewrite, так и правила других модулей. Чтобы корректно обработать эту ситуацию, Apache должен запустить весь цикл обработки заново.

— Постойте, но ведь есть флаг [L], который останавливает обработку запроса mod_rewrite'ом!

Не совсем так. Флаг [L] останавливает текущую итерацию обработки запроса. Однако если запрос был изменен теми RewriteRule, которые все-таки успели отработать, Apache запустит цикл обработки запроса заново с первого RewriteRule.

http://habrahabr.ru/company/sprinthost/blog/129560/